Служилые люди Баргузинского острога Осип Васильев и Гаврила Ловцов в 1665 году на правом берегу реки Селенги, неподалеку от впадающей в нее реки Чикой, заложили острог. Получил он название Селенгинского. По четырем углам укрепления были возведены башни, а вокруг - тыновая стена в две с половиной сажени высотой.

В 1672 году для «дозору новаго острогу» из Тобольска был отправлен Степан Поляков. Благодаря его отпискам в Сибирский приказ Москва узнала, что от Селенгинского острога до государства Китайского «самою тихою ездою будет месяца с полтора». В 1674 году С. Поляков был вызван в Москву, где принял участие в подготовке посольства Н.Г. Спафария в Китай.

В 1675 году, проезжая через Селенгинский острог, российский дипломат Спафарий записал в своём дневнике: «Тот острог лучше всех украинских (окраинных) сибирских острожков, для того что хлеб родица всякой, да и садах всякыя зелия родятся ж и китайския, потому что страна теплая, а рыбы зело много промышляют из Байкала и из реки, лесу всякого много и лугов для сенокосу много, а паче всех луче мочно завести в нем торг великой, потому Китайское государство недалеко».

Места оказались действительно плодородными. Вскоре вокруг острога были разведены пашни, выросли замки. К 1681 году был образован Селенгинский уезд, который подчинялся иркутскому воеводе.

Из-за неспокойного соседства с «мугальскими людьми» острог был перестроен и основательно укреплен, особенно после осады Тушету-ханом в 1688 году.

С установлением Селенгинского острога провительство России было принято решение организовать охрану временной границы, идущей по левому берегу рек Селенги иДжиды и дальше. Из-за малочисленности казаков администрация острога  была вынуждена привлечь бурятские роды, которые верно и добросовестно несли службу.

Российский посол С.Л.Владиславович-Рагузинский в  1727 году заключивший Буринский договор с Цинской империей о русско-китайской границе, спустя год вручил знамена восемнадцати родам братских иноземцев за прилежную службу, в том числе семи пограничным родам селенгинских бурят. При получении их они обещали ревностно служить и поставить людей на строительство крепостей и караулов.

В 1851 году в Новоселенгинск была переведена русско-монгольская школа из Кяхты (Троицкосавка). В 1873 году в ней обучались 36 детей русских и бурятских казаков. Школа представляла собой полный пансионат, по программе относилась к типу двухклассных сельский  училищ.
Селенгинские казаки участвовали в русско-японской войне и в Первой мировой войне. Многие из них вернулись с фронта с ратными наградами.

После февральской революции 1917 года положение казачества изменилось. В июне состоялся съезд бурят-казаков Селенгинского и Троцкосавского уездов, который постановил упразднить казачье сословие. Исполнительный комитет по делам бурятского казачества, заседавший 1-5 июля 1917 года в Гусиноозерском дацане, подтвердил упразднение казачества и одобрил создание общего со всем остальным бурятским населением аймачного управления.

В гражданскую войну часть казаков воевала в рядах семеновских войск, часть - в рядах красных.

СЕЛЕНГИНСКАЯ СТАНИЦА СЕГОДНЯ
В настоящее время потомки селенгинских казаков ведут активную работу по возрождению традиций своих отцов и дедов. С 2006 года они участвуют во всех культурно-массовых мероприятиях районного и республиканского масштабов. В 2008 году Селенгинская станица впервые приняла участие в параде Победы конным и пешим взводом, во встрече с потомками декабристов и волонтерами со всей России.

В 2009 году на озере Щучьем по инициативе Селенгинской станицы состоялся I Республиканский фестиваль казачьей культуры, в котором приняли участие казаки со всей республики, также гости из Иркутска, Омска и Читы. Абсолютным чемпионом фестиваля стал представитель селенгинского казачества О. Жаркой. Активное участие в организации фестиваля приняли А.П. Аксентьев, В.Г. Цыренов. В том же году Селенгинская станица принимала участие в Байкальском экономическом форуме.

2010 год выдался особенно богатым на события. Селенгинские казаки встречали делегатов правительства Внутренней Монголии, затем - туроператоров проекта «Великий чайный путь» на горе Убиенная с соблюдением казачьих и местных традиций, сопровождали до столицы республики участников Конвента монголов мира, приняли участие в праздновании 345-летия города Селенгинска, 270-летия Тамчинского дацана, открытии Ноехонской казачьей школы.

Станичники осуществили сплав на веслах по реке Селенге от с. Новоселенгинск до г. Улан-Удэ, по-священный 350-летию добровольного вхождения Бурятии в состав Российского государства. Также активно участвовали в праздничных торжествах.

Селенгинская станица во главе с атаманом Анатолием Павловичем Аксентьевым большое внимание уделяет воспитанию подрастающего поколения. В этом направлении создаются юнармейские отряды, казачьи кружки.

В 2011 году селенжане выезжали на открытие памятника первому бурятскому ученому Д. Банзарову в Джиду, также в Кяхту на совещание по незаконному обороту наркотиков. Участвовали в молебне в Свято-Троицком монастыре, охране мощей православной Блаженной Матроны Московской в г. Гусиноозерске, в строительстве церкви в с. Селендума, очистке храма в старом городе Селенгинске и многих других.

Селенгинская станица активно участвует во всех казачьих Кругах войсковых и окружных.